Антония стала второй женой Рупрехта, наследного принца Баварии. В то время Рупрехт был генералом в Императорской немецкой армии и успешно командовал немецким полком в Лотарингской операции. Из-за этого сестре Антонии, Великой герцогини Люксембурга Марии Аделаиде, пришлось отречься от престола 10 января 1919. Несмотря на отречение её старшей сестры и свержения Королевства Баварии в пользу республики, они поженились 7 апреля 1921 года.
Как противники нацистского режима, Антония и Рупрехт были вынуждены эмигрировать в Италию в 1939 году. Отсюда они переехали в Венгрию. Когда Германия оккупировала Венгрию в октябре 1944 года, Антония и её дети были взяты в плен, а Рупрехту, который находился в Италии, удалось сбежать. Они были арестованы в Заксенхаузене. В начале апреля 1945 года они были переведены в концентрационный лагерь Дахау. Хотя Антония была освобождена, она сильно пострадала и умерла девять лет спустя, в Ленцерхайде, Швейцария.